/ruta era una carpeta que estaba en lugar de
/Imagenes.
No llama a las imágenes 2 veces. La función imprime tantas etiquetas <a> como registros haya en el array. Lee sobre funciones y bucles.
Código HTML:
Ver original <script language="JavaScript"> var fotos = new Array();
fotos = [["Imagenes/Azul1.jpg", "http://www.google.es/"], ["Imagenes/Blanco2.jpg", "http://www.youtube.com/"]];
function fotos(string) {
for (var i = 0; i < fotos.length; i++) {
document.write("<a href='" + fotos[i][1] + "'><img id='misfotos' src='" + fotos[i][0] + "' /></a>");
};
}
<script language="JavaScript"> fotos();