Hola alex, no soy experto asi que no te puedo dar una solucion pero si te puedo decir lo q haria yo, espero te sirva mi comentario.
Lo primer que haria seria asegurarme que las entidades esten bien, me parece que tienes un oneToMany donde deberia ser ManyToMany (entiendo que los modulos son parte de un curso que pueden toma muchos alumnos) por eso te recomendaria que leas este muy buen post sobre el tama
http://showmethecode.es/php/doctrine...as-relaciones/
Una vez que estoy seguro o casi de que esta bien para probar lo haria manualente, para descartar todo lo que pueda hacer mal con el form, seria algo como:
Código PHP:
Ver original$modulos = $this->getDoctrine()->getRepository('AcmeDemoBundle:Modulo')->findByCodModulo($arrayModulos);
$matricula = new Matricula();
...
$matricula->setModulos($modulos);
$em->persist($matricula);
Despues de eso para el form hay otro post en el mismo blog
http://showmethecode.es/php/symfony/...on-relaciones/ , el ejemplo seria el de user y address
Que te parece?