Cita:
Iniciado por OsquiB 
Es necesario trabajar si o si con un Framework para aplicar esta arquitectura ?
:(
No. Es un patrón de arquitectura de software. No determina cómo se usará, sino el modo en que se separan las responsabilidades en tres grandes esquemas, pero no implica uso de FMWK de ningún tipo, aunque tampoco los prohíbe.
Cita:
Iniciado por OsquiB como organizar las carpetas, es decir, dentro de "view" iría todo lo que es HTML y CSS, dentro de Controllers que iria ? PHP, AJAX, JavaScript, Jquery o que iria ? y dentro de models ?
:(
El modelo MVC tampoco define nada en ese aspecto. Esas son decisiones de diseño, no de modelo.
Puedes poner todo en una misma carpeta, en dos, en tres o en quinientas (he visto sistemas con cerca de 70), mientras esté ordenado y bien documentado.
En el sistema en que trabajo, por ejemplo, todas las vistas se separan en capetas de acuerdo a la funcionalidad que cubren (casos de uso de la aplicación). Pero por otro lado, todos los controladores de todas las vistas están en la misma carpeta, incluyendo los de acceso a datos.
Como puedes imaginar, es
a gusto y piacere.