Pueden ser algunas queryes lentas, pero no las estas logueando para ver cuales son:
Descomenta estas lineas
#log-slow-queries = /var/log/mysqlslowq.log
#long_query_time = 5
#log-queries-not-using-indexes
Luego revisa el tiempo de ejecución de las queyes y las que no usan bien los indexes.-
También cuando tengas le pico de consumo accede a mysql y mira los procesos que se ejecutan.
Descárgate el tunning premier y checa la config ->
http://mirror.skamasle.com/mysql/