Conectate a mysql y
SHOW PROCESSLIST;
A ver que esta ejecutando y también mira los logs como te dijeron y mira a ver si no es que tienes mucho IO wait en el server.
Y como bien has dicho normalmente es un script, en este caso puede ser el mismo plesk :/
Igual checa esto, tal vez te sirva:
http://www.skamasle.com/mysql-alto-c...ir-el-consumo/