Enlaces al migrar

[Nanos]

Hola, tengo una web en Joomla pero la quiero pasar a Wordpress.

El caso es que voy a instalarlo en una subcarpeta oculta en el servidor donde esta corriendo la web actual en Joomla.
Pero he pensado que cuando migre la nueva web en Wordpress al index para sustituir la actual, todos los enlaces estarán mal ya que apuntarán la subcarpeta ,no?

¿Hay alguna manera de solucionarlo sin tener que ir luego arreglando enlaces?

Gracias!