Uso de CPU de MySQL disparado

[cascompany]

Bueno... primero que nada... teienes que ver los LOGS!
Alli encontraras cualquier cosa extraña... errores raros y demas...

Es posible que tu servidor "poco configurado" ya tenga hospedado algun spammer... quien sabe... es tan generico lo que dices, sin ver los logs, un top y demás es imposible adivinar que pasa.

Te recomiendo lo siguiente.
1) Instalar un firewall (CSF por ej) bien configurado desde ya.
2) Si no usas el Mail/SMTP por ahora, DESHABILITARLO, o bien, configurarlo bien, y monitorear los logs en buscar de cosas raras, o ver la cola de mails a ver si hay mails raros o rebotados.
3) Configurar todo como para producción y monitorear logs de apache, puedes instalar el MUNIN para darte una idea de donde reside tu cuello de botella si es que es refernte a tu web....


Como veras, no es "tan facil" administrar un servidor, aunque tenga plesk o cpanel como parece a simple vista, ya que hay mucho que configurar para que todo corra seguro y sin problemas, y saber detectar este tipo de cosas es la mayor parte de la administración en si.

Saludos!