Vamos a ver si te puedo colaborar un poco ...
Decís que trabajas a resolucíon de 1280x1024 ... ok...
Cita: al cambiarla a 800x600 se desordenan todas las capas
si mal no estoy eso te sucede por que todo el 'body' de tu web lo tenés dentro de una tabla .... para que quede centrada en el browser, no ? ... las capas ... mmm ... no he podido hacerlas funcionar para que independientemente de la resolución que esté trabajando me queden en el mismo sitio (sería algo así a como anidar una capa en una tabla ... (cosa que no estoy seguro de que se pueda hacer (tocaría mirar)))... con una (1) excepción : cuando la web la monto a la parte izquierda del browser (sin tablas de * medio) ... de esa manera puedo aplicarle los behaviors de mostrar y ocultar (colocando las capas en los sitios que quisiera) ... y pues en cualquier resolución las capas quedarán en el mismo lugar ... no sé, y creo que no es mucho lo que te ayudo ... pero bueno ...
pd. Si te la averiguas me contás ... ok ?