Gracias por darme la idea, se lo paso como parámetro y funciona.
<a href="javascript
:abrirVentana('<?php echo $row_Recordset1['RUTA'];?>');" ><em>Archivo</em></a>
Y luego:
<SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
function abrirVentana(ruta) {
ventana = window.open(ruta, "PopUp", "toolbar=no, location=no, directories=no, status=no, menubar=no, resizable=no, scrollbars=no, width=800, heigth=600, top=0, left=0")
Form.target = "PopUp"
}
</SCRIPT>
Gracias y un saludo.