incrustar código javascript en php

[omdsetenta]

No creo que sea un problema de sintaxis, porque salta rápido al hacer un echo y no es el caso. Me borra una parte del documento, como si hiciera un header() pero no pone nada.
Inserté un registro para ver si continuaba el script y el script continúa cuando $registros_totales >0. Cuando no hay registros ($registros_totales==0), el script falla en abrir el archivo index.