Encontre la solucion con una libreria llamada iTextsharp.
Anexo el codigo con el cual valido que el archivo antes de subirse online, sea un pdf correcto.
Código ASP:
Ver originalbyte[] data;
using (MemoryStream memoryStream = new MemoryStream())
{
HttpPostedFileBase _file = fichero;
_file.InputStream.CopyTo(memoryStream);
data = memoryStream.ToArray();
PdfReader reader = new PdfReader(data);
}
Si PdfReader lee correctamente el array, es un archivo pdf.
Pero si el PdfReader marca error entonces el archivo no es un PDF.
Libreria
iTextSharp