Cita: Las tablas si que son muy grandes la verdad, de unos 16 millones de registros.
El tema es si las tablas temporales resultan grandes. ¿Cuántos registros entran en ese Excel? Porque que yo sepa, en un Excel no puedes poner 16 millones de registros...
Lo que debes pensar en que debes procesar antes de insertar, por lo que esos datos no deben entrar en la tabla final hasta que no se haya hecho la correspondiente corrección.
Entonces sólo sería necesario considerar los datos entrantes, no los 16 millones que ya están.
Cita: Se pueden ver y borrar a mano esas tablas?
No. Las tablas son invisibles para cualquier conexión concurrente, ya te lo dije, y cualquier interfaz que use una conexión propia no las verá.
En otras palabras, sólo podrás "verlas" por el mismo medio que las creas: La conexión donde se ejecutó el create table.