Hola:
Ese tipo de alerta es la ventana modal confirm, que devuelve false cuando se pulsa sobre el botón cancelar...
Por cierto, siempre desaconsejo depender tanto de javascript... es mucho mejor depender del servidor... ya que usas php es tan sencillo como ponerle un atributo name al control del formulario y un condicional que cargue los códigos necesarios con un simple include... (bueno, aunque ese es otro tema...)
Saludos
