Con respecto al cambio 1, afecta si hay cambios en las urls, por ejemplo el mismo contenido que antes se mostraba en una url se muestra en dos, no es penalización es un cambio y puede gustarle o no. Al revés también, el contenido se mostraba en dos urls y ahora en una.
Sobre la publicidad, como todo en Google no hay unas reglas claras y definidas. En general es si la proporción de publicidad vs contenida es muy alta o si la publicidad ocupa toda la pantalla. Es decir, si abres en una pantalla de 1024 la página y para ver el contenido tienes que hacer scroll por la publicidad.
Enlaces que hablan de la penalización por publicidad:
http://www.adseok.com/tips-seo/googl...muy-destacada/
Y el original de Google (en inglés).
http://insidesearch.blogspot.com.es/...provement.html