Hola gusno,
puedes usar javascript dinamico, es decir, creas un fichero php que devuelva el código javascript y luego lo cargas desde una etiqueta script.
Ejemplo:
my_dynamic_javascript.php
Código PHP:
var mi_variable = <?php echo $un_numero+1 ?>;
alert('El resultado es... '+mi_variable);
y luego en tu index.php haces...
Código PHP:
<?php
$un_numero = 5;
?>
<script type="text/javascript" src="my_dynamic_javascript.php">
Cuando ejecutes index.php debería salirte un alert que muestre el siguiente texto...
El resultado es... 6
Espero que te sirva de ayuda.
Saludos!