Diferencia entre .fadeTo de Jquery y display: none de CSS

[nicolasberro]

Bueno, el titulo lo dice clarito. La idea es que alguien que sepa, me explique que hace cada uno, o mejor dicho, para puntualizar mas la pregunta, si al finalizar el proceso de .FadeTo la (llamemosle) "propiedad display" del elemento sobre el cual se aplica el efecto queda en "display: none;"
El problema que tengo es que he puesto varios div en el mismo lugar. Dentro de los mismos hay varios botones, y al aparecer, solo funcionan los botones que estan en el ultimo div. Por tanto, surgio la idea que quiza se superponen y en realidad cuando presiono cualquier otro boton en realidad presiono el boton del utlimo div. Por supuesto, todos los div son iguales, lo unico que cambia entre ellos es el id de los elementos.

Espero haber dejado clara la idea y desde ya, agradezco a quien sepa responderme.