Ajá, te pillé por acá.
Código:
<html>
<head>
<SCRIPT>
var interval = "";
var i = 5;
function startInterval(){
interval = window.setInterval("tTimer()",1000);
}
function stopInterval(){
window.clearInterval (interval);
interval="";
}
function tTimer(){
document.f.display.value = i--;
if (i == -1)
{
stopInterval();
alert ("tiempo terminado");
}
}
</SCRIPT>
</head>
<body>
<form name=f>
<input type=text name=display value="">
</form>
<script>
startInterval();
</script>
</body>
</html>
Creo que se adapata a tu pedido, la cuenta es regresiva, el código está muy simple y fácil de entender. No veo que puedas tener problemas.
Aunque leyendo bien tu pregunta te estoy dando gato por liebre así se dice creo.
http://www.javascript-page.com/timer.html
En ese enlace hay un ejemplo con minutos, y se no se adapta ninguno a tu necesidad lo crearemos otro.