Bien, primeramente debes saber cómo funcionan las peticiones HTTP. En éste caso, las cookies viajan con los headers desde el principio y vienen en ellos una fecha preestablecida.
Otra cosa, es que te recomiendo aprender a trabajar con AJAX, osea, AJAX para las peticiones y todo el resto hazlo en backend.
El backend te ayudará a validar las sesiones, es decir, puedes establecer una cookie que dure 1día por ejemplo, y mientras exista la cookie puedes trabajar con tu sistema.
Por otro lado, trabajar con cookies desde JavaScript es muy peligroso, ya que cualquiera puede vulnerar tu sistema. e recomendaría validar cookies. (antes se hackeaba un twitter clonando cookies).
Por último, te recomendaría ver el siguiente sistema que estoy desarrollando (es open source) , tal vez te ayude un poco y veas cómo es que funcionaría todo ésto.
https://github.com/dannegm/manageme