Creo que lo que tu quieres es hacer que al confirmar si eliminas o no. Te abra una ventana con window.open, y en esa ventana borrarlo.
Esto seria algo así entonces.
Código PHP:
<html>
<head>
<title>Untitled Document</title>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<script language="JavaScript" type="text/JavaScript">
function _confirm(form){
var cf=confirm("estas seguro de eliminar?")?true:false;
if(cf){
alert("acá puedes abrir tu nueva ventana");
}
return false;
}
</script>
</head>
<body>
<form name="form1" method="post" action="algo.php">
<input type="button" name="Button" value="Button" onclick="_confirm(this.form);">
</form>
</body>
</html>
Saludos