Hola juandedios:
Sabiendo las dimensiones del popup es relativamente fácil:
Entre los parámetros del popup, tendrás "width=xxx, height=yyy"
tendrías que poner "left=" + (screen.width - xxx / 2) + ", top=" + (screen.height - yyy / 2)
Siendo xxx e yyy las dimensiones que usas para abrir el popup.
Saludos
