Upppsss, fíjate que eh puesto los mkdir() en la parte del if que indica que ya existe, cuando deben estar en el else!!! hay que cambiar de lugar >.<
Código PHP:
Ver original // - 1 porque scandir agrega 2 items al array, el . y el .., así obtenemos el ID sigueinte!
}else {
$idFile = 1;
}