Me parce que estas un poco liadillo.
Node js es un programa que corre en un puerto como cualquier otro servidor. De hecho puede recibir y responder peticiones http como post get... Las peticiones a la base de datos son otra cosa muy diferente.
La magia de node es tener un servidor http que responda a cada petición que el cliente le hace como por ejemplo dame la pagina
http://miweb.com/unapagina.html como un servidor apache normal. Que una vez establecida la conexion entre cliente y servidor este ultimo pueda enviar informacion cuando sea conveniente y sin hacer mas peticiones, sino mandando paquetes.
Y que el cliente también pueda enviar informacion al servidor y este la pueda procesar y en caso correspondiente enviar una respuesta.
Y aparte de todo esto el servidor es capaz de conectarse con un montón de bases de datos tanto relacionares como no relacionares. Y gracias a la comunidad que hay, por ahora no mucha, tienes módulos y framework para hacer casi cualquier cosa.
Espero serte de ayuda, cualquier cosa que este mal corregidme :)