Todos los campos se acceden de la misma forma, utilizando su name.
No importa si son creados con Javascript o no, si están presentes en el formulario al momento de enviarlo entonces estarán presentes al recibir los datos con PHP.
Ahora, el problema viene si ni siquiera sabes como se llaman dichos campos, ¿no te parece?
Si estás crando campos como "nombre + N" dónde N es un número que se incrementa entonces no es fácil adivinar con PHP cuantos campos existen así.
Para eso se recomienda usar la notación de array con un nombre en común, así lo que recibes será un array.
Cita: input.name = 'foo[' + i + ']';