Yo lo tengo antes de </head> y funciona perfectamente, no se por que en las instrucciones piden que lo coloques despues del <body> ¬¬
Cita: PHP Implementation optional
Create a PHP file named "analyticstracking.php" with the code above and include it on each PHP template page. Then, add the following line to each template page immediately after the opening <body> tag:
<?php include_once("analyticstracking.php") ?>