Buenas!
Cuando queiras subir un archivo desde html deberas poner un campo oculto indicando el máximo tamaño permitido del archivo a subir por el usuario.
Código HTML:
<input type="hidden" name="MAX_FILE_SIZE" value="200000">
Parece una bobada pero a mi a veces me ha dado problemas.
También mira los permisos de las carpetas a las que accedes.
Saludos.