Cita: Mover los archivos de inclusiones y funciones fuera del árbol de directorios del servidor siempre se recomienda pero en el 99.99% de los casos es imposible. Normalmente es un hosting y no existe esta posibilidad.
Para no alarmar ... Creo que te dejases "... gratuito ..." .. Pues cualquier hosting
-de pago- tiene el típico directorio /html_public .. o /www o similar que es el que apunta el "Document root" de tu sitio y donde puedes acceder a cualquier archivo "linkeandolo" por el URL:
http://www.tal.tal/archivo.inc ...
Un saludo,