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[nainona]

pues está claro que una de las dos miente más que la otra no?

A ese nivel no he visto las WMT fallar tanto, mientras que tener ese tipo de errores en GA suele ser más común (por error humano ojo): yo revisaría que el código de GA está bien implementado en todo el site y si eso no fuera, miraría a ver de donde son esos clicks (según las WMT) y los compararía con los datos de GA para ver cuales se pierden, lo mismo te llevas una sorpresa.