Muchas aplicaciones guardan datos localmente, por ejemplo, WhatsApp. Depende de cómo sea la aplicación. Obviamente Facebook, Google+ y demás no lo hacen localmente.
Sólo lo he visto por encima, pero con
PhoneGap puedes hacer una aplicación con HTML/CSS/JavaScript.
A mi personalmente me parece una cosa muy cutre. Es como hacer una aplicación de escritorio metido en Chrome. Cada cosa para lo que es.
PHP tampoco es que sea un lenguaje fácil, es simplemente que su curva de aprendizaje es más llevadera y eso en general crea una inclinación casi innata para hacer
guarrerías.
Con la cantidad de aplicaciones que hay, no creo que haya que ser un súpercerebro para aprender uno u otro lenguaje. Es simplemente que hay que ponerse a ello sin esperar resultados con cuatro lineas, que es lo que si permite hacer PHP.
Conectar a una base datos remota, también lo puedes hacer desde PHP, en lugar de indicar
localhost, indicas la dirección remota. No veo que sea muy problemático esa parte, ¿no?