Hola:
Creo que mejor será que nos cuentes tus intenciones, ya que los valores de los checkboxes los puedes enviar de la misma forma que si se tratase de otro tipo de input (text)
Al marvar un checkbox se envía lo que tenga su value... y si llevan el mismo nombre se procesa como un array (para php deben ser nombres terminados con un juego de corchetes ([]).
Saludos