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[Erick_MD9]

Veo varios problemas.

Tienes varios FORM creados con php, debes darle un nombre distinto a cada uno, ya que en js manejas los datos por cada FORM.
Debes procesar cada form de foma independiente, puedes pasar el nombre de cada Form a js.

<form action="atencion1.php" method="post" name="notas<?php echo $i;?>" >

CADA INPUT DEBE ENVIAR EL FORM AL Q PERTENECE
onKeyDown="fncImc("notas<?php echo $i;?>")"

EN JS TOMAS LOS ELEMENTOS DE CADA FORM

fncImc(NOMBRE_FORM){
caja=document.forms[NOMBRE_FORM].elements;
}

ESPERO TE SEA DE AYUDA