Cuando le das la url con la ubicacion del archivo (
www.mipagina.com/miarchivo.csv) desde cualquier maquina puedes descargar el archivo sin problemas?
Entiendo tu problema, pero se sale de tema de bases de datos y pasaria a ser un problema de programación, que por tus comentarios anteriores etiendo es PHP.
Te recomiendo que preguntes en el foro de PHP la forma de leer un archivo csv desde una URL.
Una vez lo puedas leer, lo puedes recorrer con un ciclo y llevar los datos a la BD. Pero como te digo.. el como lo encuentras en dicho foro.