Tienes que añadir una condición(
RewriteCond) antes de tu regla(
RewriteRule).
Seria algo como esto:
Código Apache:
Ver originalOptions +FollowSymLinks
RewriteEngine on
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/file/.*$
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/imagenes/.*$
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/profile/.*$
RewriteRule ^(.*)$ /profile/$1 [L]
Lo hice al ojo, por lo que puede que no te funcione a la primera.
Fíjate que hay un signo de exclamación en las condiciones, eso significa
Negación ( distinto de )