tenes que dividir tu archivo index en dos. Por un lado el archivo original con el div donde mostraras el sobre abierto o cerrado. Por otro lado un segundo php que se encargará solamente de verificar si hay o no mensajes nuevos.
en el index.php tenes que escribir el código javascript que llame vía ajex al segundo php y al finalizar la llamada hacer con js document.getElementById('conteMensaje').innerHtml = '<img ......>';
al inicializar index.php tenes que poner en marcha el temporizador para que cada x segundo llame a la función js que hace la verificación.
no se si soy claro, cualquier cosa avisame