Debes editar el .htaccess de la raiz de tu dominio principal para que te quede esto: (Sustituye los dominios por los que te interesen)
Código:
#Eliminar peticiones tipo http://tudominio.ext y que redireccione a http://www.tudominio.ext
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^tudominio.ext [NC]
RewriteRule ^/?(.*) http://www.tudominio.ext/$1 [R=permanent,L]
#Fin de eliminar peticiones
De esta manera, cada vez que pongas el dominio sin las WWW en la barra de direcciones, se redireccionará mediante un 301 (Permanente) a la dirección con WWW y ya no generarás contenido duplicado.
Si te interesa el caso inverso, es decir, que todo el tránsito se redireccione a la web sin WWW, el .htaccess tendría que tener este aspecto:
Código:
#Eliminar peticiones tipo http://www.tudominio.ext y que redireccione a http://tudominio.ext
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www.tudominio.ext [NC]
RewriteRule ^/?(.*) http://tudominio.ext/$1 [R=permanent,L]
#Fin de eliminar peticiones