Si te refieres reemplazar MANUALMENTE las funciones mysql_* a mysqli_* pues si, si piensas hacerlo automáticamente te va a dar muchos dolores de cabeza, ya que no únicamente se agrega una "i" al mysql, si no que también cambian el orden de las variables, por ejemplo...
Eso sin contar que es mejor usar mysqli en su forma de objeto, y no como funciones por separado, aunque si vas a cambiar todo, te recomiendo 1000 veces que mejor cambies a PDO....