Algunas sugerencias:
1. Usa entornos virtuales para tus proyectos.
2. Usa pip + tu entorno virtual, no solamente porque te mantiene una lista de paquetes instados si no que ademas te instala los paquetes, te los borra, te resuelve las dependencias, puedes actualizarlo, etc....
Aquí hay un aporte que escribí sobre entornos virtuales.
http://www.forosdelweb.com/f130/apor...linux-1029853/ Cita: Puedo borrar las carpetas que estan en /home ?
Claro que puedes. Ahora que si debes eso depende te la aplicación y de que carpeta sea.
Cita: Como se actualizan los módulos compilados ?
Depende de como los hayas instalado.
Cita: Debo configurar el PYTHONPATH ?
En linux ese proceso es un poco estandar entonces usualmente no lo requieres. En windows si tienes que configurarlo.