Una buena estructura para manejar PHP en un mismo archivo es poner tu lógica arriba y tu HTML abajo, claro que vas a tener que poner código php en el html, pero siempre manteniendo la lógica lo mas aparte posible.
Código PHP:
<?php
// aquí tu lógica
?>
<html>
<head>
<title></title>
</head>
<body>
<!-- acá tu código HTML. -->
</body>
</html>