Buenas,
Si el usuario tiene los conocimientos suficientes
siempre podrá usar la consola de javascript. No conozco ningún método para encriptar javascript pero te garantizo que aunque lo consiguieras sería bastante inútil.
Aunque si quieres tener una primera medida preventiva... Después de la última etiqueta <script> de tu web puedes escribir:
Código Javascript
:
Ver original<script>
$ = jQuery = undefined;
</script>
Para evitar que, sin esforzarse un poco, usen Javascript.
Un saludo!