nuevo cliente: cómo comenzar el seo y web?

[exatienda]

O fusionas las dos webs en una, o si no se puede crear backlinks de una a la otra.

Yo lo que haría es:

http.//(...).dominioprincipal.com/empresa1
http.//(...).dominioprincipal.com/empresa2

De esta forma posicionas un solo dominio y tienes las dos empresas en el mismo.