Hola:
Cita: La verdad es que no tiene ningún sentido lo que te están pidiendo, si las dos empresas están asociadas, no tiene sentido que compitan entre ellas por el posicionamiento.
Estoy de acuerdo, deberás convencer al cliente y hacerle entender que eso no es para nada benficioso para el posicionamiento web.
La mejor opción es que crees dos webs corporativas. Otras opciones de fusión también pueden ser buenas pero tal vez el cliente no esté de acuerdo.
Muchas suerte.