Lo primero que intentaria seria tener la bbdd en un servidor al cual se pueda acceder des de ambas oficinas y trabajar con una sola copia de la bbdd... Eso eliminaria todos los problemas, solo habria que tener en cuanta el tema de concurrencia de varios usuarios sobre los mismos datos.
Si forzosamente debes tener las dos copias una deberia ser replica de la otra y asi conseguirias una sincronización automatica.
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...es-groups.html
(no esta la traducción)
En todo caso deberas tener servidores que se vean entre si....