Como dice pzin, sin ver demasiado código no creo que se pueda hacer mucho, pero creo que tu problema se solucionaría de la siguiente manera, a los divs indeterminados esos que tus dices deberían tener las siguientes etiquetas:
Código CSS:
Ver originaldiv {
display:inline-block; /*Los convierte en bloques en lineas, lo que hace que al completarse una linea (de tres en tu caso, el proximo baje a la línea de abajo. El alto de la linea estaría formado por el div mas alto*/
width: 30%; /*El ancho que tu definiste*/
vertical-align:top; /*Para que se alineen al comienzo de la linea y no a la base (comportamiento por defecto*/
*display: inline; /*Para que funcione en IE7, en caso de ser necesario*/
zoom: 1;/*Para que funcione en IE7, en caso de ser necesario*/
}
Aqui tienes un ejemplo funcionando:
http://jsfiddle.net/Y2NqT/5/