No creo que se pueda hacer eso con un .reg.
Si necesitas meter mano al registro, te sugiero hagas un pequeño programita que manipule el registro usando la clase Registry:
http://msdn.microsoft.com/en-us/libr...(v=vs.71).aspx
De otra forma, si se trata de un instalador, hay muchas formas de crear paquetes de instalacion para aplicaciones, que incluyen modificaciones al registro.
Cabe mencionar que si el usuario no tiene permisos de administrador en la PC nada de esto te va a funcionar.