BUeno, personalmente no veo la necesidad de tener dos cuentas de PayPal, una sola cuenta puede servir para recibir pagos tanto en Pesos como en USD, asi que al menos del lado de PayPal no veo la necesidad de duplicar ese aspecto, lo que sí sería recomendable es que el sitio muestre el precio de los productos en ambas monedas y que el cliente escoja en cual de ellas pagar, ojo, esto implica procesar de alguna manera el botón de comprar de PayPal para que refleje el precio y la moneda elegida por el cliente.
Existen otras plataformas, eje:
2checkout,
worldpay pero el concepto de "comodas" es muy relativo, creo que sería bueno que nos aclares un poco tu concepto de "comoda".
Saludos.