Cita: pero lo que necesito es que si hay algunos campos obligatorios sin diligenciar me muestre la alerta pero no me borre los datos que estan en los input.
Bueno, no mire todo el codigo que obtienes pero yo creo que para tu respuesta lo que debes manejar es el uso de la matriz $_POST o usar sesiones con $_SESSION
En este pequeño ejemplo que colocas de tu codigo.
Le dices que se muestre el nombre del usuario. De igual forma podrias hacer lo mismo en tu formulario pero usando $_POST. En caso de que la información no haya sido enviada pues no mostrara nada. Cuando la envies validas las entradas y solo se mostraran las que sean validadas correctamente, las otras simplemente se mostraran vacias.
ejemplo
Código HTML:
Ver original<td><label>Primer Apellido
<input type="text" name="primerapellido1" id="primerapellido" value="<?php echo $_POST['primerapellido']?>"/>
</label></td>
Revisa el codigo que te pongo porque no estoy seguro que lo haya escrito bien, pero es como para que te des una idea. Espero y sea de utilidad la ayuda.