gracias Caricatos por la ayuda!!!
lo he puesto como lo has indicado:
var codigoa ='
<A HREF="javascript:window.open('banner.php', '', 'width=50,height=50')"> <IMG SRC="actualizacion/banners/'+imgBannera[cuala]+'" ALT="'+altBannera[cuala]+'" BORDER=0 WIDTH=112 HEIGHT=80></A>';
pero me marca error: "se esperaba un objeto".