Muchas gracias GatorV, con tu ayuda pude solucionar mi problema, les comparto todo el código original, ya que los anteriores eran para darme una idea:
Código PHP:
$result_6=mysql_query("SELECT ml_dat_CALIF.PERIODO FROM ml_dat_CALIF INNER JOIN ml_dat_ALUMNO ON ml_dat_ALUMNO.ID_ALUMNO=ml_dat_CALIF.ID_ALUMNO INNER JOIN ml_dat_ACTIVIDAD ON ml_dat_ACTIVIDAD.ID_ACTIVIDAD=ml_dat_CALIF.ID_ACTIVIDAD WHERE ml_dat_CALIF.ID_GRUPO='".$nombre_gpo."' GROUP BY ml_dat_CALIF.PERIODO ORDER BY ml_dat_CALIF.PERIODO ASC");
$count6=mysql_num_rows($result_6);
$result_2=mysql_query("SELECT ml_dat_CALIF.CALIFICACIONES FROM ml_dat_CALIF INNER JOIN ml_dat_ALUMNO ON ml_dat_ALUMNO.ID_ALUMNO=ml_dat_CALIF.ID_ALUMNO INNER JOIN ml_dat_ACTIVIDAD ON ml_dat_ACTIVIDAD.ID_ACTIVIDAD=ml_dat_CALIF.ID_ACTIVIDAD WHERE ml_dat_CALIF.ID_GRUPO='".$nombre_gpo."' ORDER BY ml_dat_ALUMNO.AP_PATERNO ASC, ml_dat_ALUMNO.AP_MATERNO ASC, ml_dat_ALUMNO.NOMBRE ASC, ml_dat_CALIF.PERIODO ASC");
$count2=mysql_num_rows($result_2);
$rowNumber2 = 1;
$col2 = 'E';
for ($n=0; $n<$count6; $n++) {
$var=++$col2. "\n";
}
$col_f=substr($var,0,-1);
while ($row2 = mysql_fetch_row($result_2)) {
if($col2==$col_f)
{
$col2 = "E";
$rowNumber2++;
}
foreach($row2 as $cell2) {
$objPHPExcel->getActiveSheet()->setCellValue($col2.$rowNumber2,$cell2);
$col2++;
}
}
Saludos