Problema con proceso largo, por inactividad en el navegador

[jcxnet]

Puedes "partir" los archivos más pesados en bloques de un tamaño en donde conoces el margen de tiempo de proceso; otra salida que se me ocurre es que agregues todas la líneas del archivo recibido en una tabla temporal y luego la procesas, incluso con algún trigger o procedimiento almacenado puedes pasarle un poco del proceso al manejador de la base de datos.