Si esto
Código PHP:
<?php echo $today?>
termina siendo un string, deberías entrecomillarlo en la primera aparición que mostrás. (PD: siempre que preguntes en el foro de javascript es mejor escribir el código que aparece con la opción ver código fuente del navegador: hay muchos que no saben php o que, aunque lo sepan, no les es posible saber ciertamente el resultado final de su ejecución en el servidor).