Muchas gracias By_George, por tu gran ayuda pude resolver mi problema, les dejo el código con una mínima modificación:
Código PHP:
$result_2 = mysql_query("SELECT MATRICULA,AP_PATERNO,AP_MATERNO,NOMBRE,EMAIL FROM ml_dat_ALUMNO WHERE ID_GRUPO='".$nombre_gpo."' ORDER BY AP_PATERNO ASC ");
$count2=mysql_num_rows($result_2);
$rowNumber2 = 2;
$col2 = 'F';
while ($row2 = mysql_fetch_row($result_2)) {
if($rowNumber2==$count_alum+2)
{
$rowNumber2 = 2;
$col2++;
}
foreach($row2 as $cell2) {
$objPHPExcel->getActiveSheet()->setCellValue($col2.$rowNumber2,$cell2);
//$col2++;
}
$rowNumber2++;
}